港口航道工程与海岸海洋科学实验中心由11个实验室组成，包括航道实验室、环境泥沙实验室、海洋环境实验室、海工实验室、河口海岸实验室、港航动力实验室、港航结构实验室、海洋调查实验室、仪器管理和研发中心、计算中心、数据中心，总占地面积约为12000 m2。目前拥有风浪流实验水槽、综合性实验港池及测控设备、环境泥沙实验设备、开边界多泵控制潮流模拟系统、本科教学实验平台、海工结构防腐实验平台、海洋调查设备、野外观测站、高性能计算集群等。